Das 16. Jahrhundert brachte für Angern tiefgreifende Veränderungen in Kirche, Gesellschaft und Herrschaftsorganisation. Während die Burg weiterhin das Zentrum der Schulenburgischen Besitzungen bildete, entwickelte sich das Dorf zu einer bedeutenden ländlichen Siedlung innerhalb der Herrschaft Angern.

Für das Jahr 1558 sind bereits 56 Familien im Dorf nachweisbar, was auf eine vergleichsweise große und wirtschaftlich stabile Gemeinde schließen lässt. Mit der Einführung der Reformation im Erzstift Magdeburg gewann die kirchliche Organisation des Ortes zunehmend an Bedeutung. Im Rahmen der ersten lutherischen Kirchenvisitation der Jahre 1562 bis 1564 erscheint Angern erstmals ausführlicher in den Quellen der frühen Neuzeit.

Einen sichtbaren Ausdruck dieser Entwicklung stellt der Bau der evangelischen Kirche St. Mauritius dar, die zwischen 1566 und 1569 errichtet wurde. Der Bau erfolgte unter Verwendung älterer Bauteile und markiert den Übergang von der mittelalterlichen zur frühneuzeitlichen Ortsentwicklung. Der Kirchenneubau dokumentiert die Festigung der lutherischen Konfession im Ort und verdeutlicht zugleich die wirtschaftliche und gesellschaftliche Bedeutung Angerns in der zweiten Hälfte des 16. Jahrhunderts.

Nach dem Ausscheiden der mittleren Linie der Familie von der Schulenburg im Jahr 1561 verblieben die Gutsanteile zunächst im Besitz der älteren und jüngeren Linie. Im Jahr 1738 verkaufte die ältere Linie schließlich ihren Anteil an die jüngere Linie, die das Rittergut Angern bis 1945 in alleiniger Hand führte.

Im Verlauf des 16. Jahrhunderts führten Erbteilungen innerhalb der weit verzweigten Familie von der Schulenburg zu einer zunehmenden Aufgliederung der Angerner Besitzungen. Aus den verschiedenen Familienzweigen entwickelten sich eigenständige Besitzkomplexe mit eigenen wirtschaftlichen Schwerpunkten und Nutzungsrechten.

Einer dieser Besitzanteile ging auf Hans VII. von der Schulenburg zurück, einen Sohn Busso II. von der Schulenburg. Aus seinem Besitz entwickelte sich ein eigener Herrschaftsbereich innerhalb der Angerner Güter, der später als „Alt Hansens Teil“ bezeichnet wurde. Die Entstehung dieses Besitzkomplexes verdeutlicht die fortschreitende Zersplitterung des Familienbesitzes, die das wirtschaftliche und soziale Gefüge der Herrschaft Angern über Jahrhunderte prägen sollte.

Während die Burg Angern im Mittelalter vor allem als befestigter Herrschaftssitz und Verwaltungszentrum gedient hatte, verlagerte sich ihr Schwerpunkt im 16. Jahrhundert zunehmend auf wirtschaftliche und administrative Aufgaben. Die Sicherung von Besitzrechten, die Organisation landwirtschaftlicher Produktion und die Verwaltung der zugehörigen Dörfer gewannen gegenüber der ursprünglichen Wehrfunktion immer stärker an Bedeutung.

Gleichzeitig dokumentieren die erste lutherische Kirchenvisitation von 1562 bis 1564 sowie der Bau der Kirche St. Mauritius zwischen 1566 und 1569 die tiefgreifenden Veränderungen der frühen Neuzeit. Die Herrschaft Angern entwickelte sich zunehmend zu einem agrarisch geprägten Rittergut, dessen wirtschaftliche Grundlage auf den Erträgen der umliegenden Ländereien beruhte.

Die Burg blieb dabei das Zentrum der Herrschaft, wandelte sich jedoch schrittweise von einer mittelalterlichen Grenz- und Wehrburg zu einem Verwaltungs- und Wohnsitz des Landadels. Dieser Prozess prägte die weitere Entwicklung der Anlage bis in das 17. und 18. Jahrhundert.

Die Aufteilung der Angerner Besitzungen auf mehrere Familienzweige brachte langfristig wirtschaftliche Probleme mit sich. Durch wiederholte Erbteilungen wurden die Einkünfte einzelner Linien zunehmend aufgespalten, während die Verpflichtungen für die Bewirtschaftung und den Unterhalt der Güter bestehen blieben.

Gegen Ende des 16. Jahrhunderts gerieten daher einzelne Angehörige der Familie von der Schulenburg in finanzielle Schwierigkeiten. Die Belastungen durch Kredite, Verpflichtungen und die zersplitterten Besitzverhältnisse führten zu einer zunehmenden Verschuldung einzelner Besitzanteile. Damit zeichneten sich bereits jene Entwicklungen ab, die im folgenden Jahrhundert wiederholt zu Verpfändungen, Verkäufen und Rückkäufen von Gütern führen sollten.

Im 16. Jahrhundert gehörte Angern mehreren Linien der Familie von der Schulenburg. Durch Erbteilungen, Heiratsverbindungen und die Aufteilung des Besitzes entstanden verschiedene Anteile an Burg, Gut und den zugehörigen Ländereien. Zu den Angehörigen der Angerner Linie gehörte auch Busso von der Schulenburg, ein Sohn Christophs II. von der Schulenburg und Klaras von Rantzau. Durch seine Heirat mit Margarethe Gans zu Putlitz war die Familie mit einem der bedeutenden Adelsgeschlechter der Prignitz verbunden.

Die komplizierten Besitzverhältnisse führten im Laufe der Zeit zu einer weiteren Aufgliederung der Herrschaft. Besonders einschneidend wirkten sich die wirtschaftlichen Schwierigkeiten Busso VI. von der Schulenburg (1550–1601) aus. Er geriet in erhebliche finanzielle Bedrängnis, sodass sein Anteil an den Gütern Angern und Angern-Vergunst von Gläubigern in Besitz genommen wurde. Die entsprechenden Vorgänge sind in den Hypothekenscheinen des Gutsarchivs Angern dokumentiert (Rep. H 13 Nr. 87).

Erst seinem Sohn Hans XII. von der Schulenburg gelang es im Jahr 1602, die verlorenen Besitzanteile zurückzuerwerben. Aus diesem Vorgang entwickelte sich die bis in die Neuzeit gebräuchliche Bezeichnung „Alt Hansens Teil“, die einen bestimmten Anteil des Angerner Familienbesitzes kennzeichnete und bis heute an die wechselvolle Besitzgeschichte der Schulenburgs erinnert.